在臨床上，溫和性流感和新城疫病的區別最為困難，特別是混合感染后難以控制。因為這兩個病的治療方法是完全不同的，一旦誤診，延誤了最佳治療時機，死亡就很難控制，尤其是肉仔雞。
臨床上不同表現形式
?。?）臨床上，新城疫育成雞最開始突然出現幾只死亡，緊接著出現呼吸道癥狀，咳嗽，呼吸困難，體溫升高，2—3天后，一部分雞出現神經癥狀，頭頸震顫、哆嗦、點頭、癱腿消瘦，死亡增多。
新城疫不腫頭，流感腫頭。流感通常呈現體溫升高、精神沉郁、飲食減少，咳嗽、噴嚏、啰音、呼吸困難，流淚、羽毛松亂、身體蜷縮、頭和面部水腫、皮膚發紺(冠和肉髯)。新城疫以濕性咳嗽為主，流感則呼嚕流淚為主，流感引起流鼻涕而新城疫則沒有。
新城疫多死消瘦雞，趴著死;流感多死胖雞，仰著死(氣管內有黃色干絡物堵塞，肺表面有黃色干絡物附著，也會出現部分瘦雞死亡，包心包肝，氣囊很厚，花斑腎)，有腫頭腫臉的情況出現，有尖叫，有咳嗽、呼嚕等現象;流感可引起腿部鱗片出血，新城疫則沒有。
溫和性流感，初期只是拉稀，中后期拉黃，綠或黃綠融合的糞便;后期有的拉橘黃色稀糞，這個特點很重要。新城疫嗉囊炎癥很重，倒提腔有粘液流出，并且有酸臭味，而流感沒有。流感發病快，治愈后短時間容易復發，新城疫治愈后產生免疫一般不復發。
?。?）解剖變化鑒別
無論是新城疫還是溫和性流感，胸腺都會出現出血點;新城疫病引起的變化只是在前1-4對胸腺，H7溫和性流感引起的一般是先出現在下幾對胸腺的出血或腫大，初期一般是靠下胸腺先有出血點和腫大的。產蛋雞就不要看胸腺了，因為它已經在性成熟時已經基本退化了(60-80日齡左右雞胸腺最大，以后逐漸萎縮)。
盲腸扁桃體的變化。新城疫病雞盲腸扁桃體絕對要出現嚴重的出血腫大變化;如果是H7溫和性流感，有部分引起盲腸扁桃體嚴重出血，有部分出血不嚴重，有很大部分就不引起盲腸扁桃體出血。
腸道淋巴細胞變化了
(1)雞淋巴結一般在十二指腸下段，呈條狀不規則的島嶼狀(2-3厘米長)，不出現新城疫或流感時候，是白色呈隱性存在，不出現明顯的島嶼。無論是新城疫病或溫和性流感出現后，島嶼明顯出現，上面有1個以上的明顯的出血點;如果是溫和性流感更多表現的是彌散性出血，新城疫不多見。
(2)卵黃蒂后2-6厘米內，有淋巴弧結存在，正常也是隱形的;一般只有新城疫病這里的變化才出現，流感一般或根本就不出現。主要表現是半個黃豆大小的弧結，典型或非典型新城疫，只出現隆起，上面有1個或多個出血點或整個出血;強毒新城疫則出現嚴重潰瘍，并覆著有黏性綠色物質。死亡嚴重的溫和性流感，也偶爾出現白色輪廓顯現。請注意。
(3)回腸淋巴弧結的變化。這個變化溫和性流感表現也是和卵黃蒂后的變化是一樣的，新城疫也出現和卵黃蒂后一致的變化。
(4)盲腸細段。溫和性流感這里不出現變化或不出現彌散出血點，而新城疫病則表現，是出現1個或多個米粒樣的突起并出血，有小米大小，有大米大小的;根據雞的年齡，病癥的嚴重程度，與它出血的嚴重程度，或大小有關。望細心斟酌。強調一下，直腸黏膜的變化不作為診斷ND或AI的診斷依據，臨床可以忽略。直腸黏膜一般是點狀密密麻麻的出血點(常見腎支)，和條狀出血(見新城疫)。
(5)H7溫和性流感也可以出現纖維素性腹膜炎，呈黃色。蛋雞前期也只是出現纖維素性腹膜炎，后期才出現卵黃性腹膜炎。然而新城疫病基本不出現腹膜炎，后期有可能出現輕微的卵黃性腹膜炎。
(6)氣管支氣管和肺臟，氣囊的變化。新城疫主要喉頭軟骨有針尖狀出血點，氣管環出血，充血不嚴重，而禽流感則整個氣管出血嚴重，并且粘液多，氣管內有黃色干絡物堵塞，肺表面有黃色干絡物附著，也會出現部分瘦雞死亡，包心包肝，氣囊很厚，腎腫，花斑腎。
(7)腺胃乳頭的變化。新城疫一般是乳頭尖部出血，而溫和性流感一般多見乳頭基部出血，也有中個乳頭出血的，有的出現整個腺胃黏膜發紅，出血等。
(8)流感可引起頸部皮下脂肪，腹部脂肪出血心冠脂肪出血，新城疫則一般沒有。流感可引起脾臟腫脹并有白色壞死點而新城疫一般沒有。
(9)新城疫可以引起法氏囊內有粘液和針尖狀出血點;流感則引起法氏囊腫脹且有粘液和出血，流感可引起腿肌和胸肌的出血，而新城疫則沒有。此時要和法氏囊病區別開，否則注射法氏囊抗體易引起大批死亡。
臨床上流感以腫頭腫臉為主的，新城疫沒有，注意與下面幾種病變區別
(1)和鼻炎的區別。H9溫和性流感引起的腫頭腫臉，外觀是硬腫，蒼白色的部位變化，一般肉垂不單獨腫脹或不腫脹。然而鼻炎引起的是淡紅色的浮腫，用手壓迫有破動感或柔軟感，并同時出現肉垂腫脹;有的人說流感肉垂也腫脹啊，我說那是流感引起的肉垂基部硬腫出現的肉垂撅翹。另外鼻炎肯定要出現鼻孔結痂，流鼻涕等現象的，相信大家不難鑒別。
(2)腫頭型大腸桿菌病的鑒別。腫頭型大腸桿菌病，出現的腫脹和溫和性流感是一模一樣，但是腫頭型大腸桿菌病，不引起呼吸道異常，即使存在，也是0.1%的比例。也不引起流鼻涕，但是大群內不出現變化的雞仍然是大吃大喝，產蛋率好，蛋的顏色好;發現患雞只要不注射相應的抗大腸桿菌的藥，發現一個死一個，只有患雞拉的是白色占地面積較大的稀便。這種雞只要混合注射安卞青霉素和慶大霉素，2次就有明顯效果(一般青霉素不能和慶大霉素混合注射的，那樣降低療效)。大群投高檔的抗大腸桿菌藥，很快控制雞群。
解剖變化與臨床區別
在解剖變化上H9溫和性流感有以上H7的變化外，同時出血嚴重的敗血型大腸桿菌變化，心臟，肝臟，腹膜出現嚴重的纖維素包裹，其實這不是大腸桿菌病引起的。那為什么要配合大腸桿菌藥物治療呢?我認為是，這已經形成了內臟嚴重的炎性變化，所以必須有抗菌藥的協助治療。
那么，如何和敗血型大桿鑒別，只有一個表現，就是流感引起的“三炎”不臭，大腸桿菌引起的有臭感。如果發現有這變化，首先仔細檢查雞群內有一只或多只腫頭臉雞沒有;再次，檢查有沒有明顯的呼吸道癥狀，都有的話那就溫和性流感定了。
另外H9溫和性流感頸部皮下有條狀纖維素樣病變;流感能引起腎臟有發紅腫脹，有輕微尿酸鹽沉積在輸尿管。新城疫是不出現這變化的。腸道內流感引起的1個或多個像小米粒大小的出血點，和球蟲引起的很象，但是本病引起的用剪刀刮，有明顯滲血的感覺，新城疫是沒有的。
混感
新城疫一般與傳支、慢呼、法氏囊、球蟲、大腸桿菌混合感染，禽流感一般只與大腸桿菌混感，加重病情，引起大量死亡。
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